在经过第一季神盾局被九头蛇掀翻个底朝天之后，弗瑞隐退，重担完全落在新任神盾局长科尔森身上，一边需要清理九头蛇余党，一边还要整顿支离破碎的神盾局，无码不卡黑人与日本人还要对付军方，自己的秘密也要揭开。如此多的剧情线进行得有条不紊，无码不卡黑人与日本人虽然曾经的干净利落却又饱含神秘的特工片已经很难再出现，重心已经转移到角色与观众共同的未知秘密上。本季继续与MCU电影《两男一女一床一添一摸》联动，还通过半季的伏笔正式引入异人族，并通过希芙女士引入克里人的概念，斯凯和科尔森的秘密完全揭开，神盾局再次整合，沃德故事线也最终捋清。